「有効」にすると、注文手続きページにて「お支払い方法」の選択肢として表示されます。

「有効」にしても、会員情報編集 にて決済方法を認められていない会員には選択肢が表示されません。

「新規会員の決済を有効にする」でのチェックの有無は、あくまで新規申請者に認める決済方法ですので選択肢の表示には直接の関係はありません。
例えば、全ての決済を『有効』にしていても、「新規会員の決済を有効にする」に一つもチェックがついていなければ、会員は登録時の状態では決済方法がありません。これは会員情報編集にて、「決済方法」のどれにもチェックが入らない為です。

新規申請者に認める決済方法にチェックを入れます。
全新規申請者に適用されます。既に会員になっている会員には適用されません。
会員情報編集に反映されます。管理側の設定の為、一般画面には表示されません。

Paid(後払い)に新規会員の決済を有効にするを入れると、以下の文が会員登録フォームにて表示されます。
「当サイトではPaid（後払い）を導入しており、個人の方ならびに営業実態が取れない法人・個人事業主の方はお断りさせていただいております。Paid規約をご確認のうえ、確認画面におすすみください。」

会員毎に、決済方法の変更も可能です。
会員管理 > 会員一覧 > 会員情報編集 にて編集できます。

クレジットカード決済のサービスをご利用いただくには各運営会社との契約が必要です。Bカート契約時に、どのサービスをご利用するかを選択できます（後から変更も可能です）。画面に表示されるのは、必ずどれか一つとなります。

Bカートクレカ決済の場合はこちらを参照してください。
クロネコwebコレクトの場合はこちらを参照してください。
PGマルチペイメントサービスの場合はこちらを参照してください。
ペイジェントの場合はこちらを参照してください。
Paypalの場合はこちらを参照してください。

BtoB決済サービスをご利用いただくには各運営会社との契約が必要です。

Bカート掛け払いの場合はこちらを参照してください。
Paidの場合はこちらを参照してください。
NP掛け払いの場合はこちらを参照してください。
クロネコ掛け払いの場合はこちらを参照してください。

ほかに、指定したい決済方法があればご利用ください。項目名はご自由に設定できます。空欄のまま「有効」にした場合、「カスタム」という項目名が関連する箇所で表示されます。

設定された項目名が反映される項目
は、会員情報の編集、帳票の出力、受注メール、受注情報の編集に反映されます。また、一般画面の注文フォーム、その際の自動送信メール、マイページの注文履歴に反映されます。

会員エクスポート、会員インポート、受注一覧のCSVエクスポートにおいては、「カスタム」という項目名でエクスポートされ、インポートも「カスタム」という項目名にする必要があります。

基本的には上記の「カスタム項目」と同様の機能ですが、こちらには追加で質問項目を設けられます。

例えば項目名を「コンビニ決済」とした時、どのコンビニで支払いするかの設問を設ける、などのケースにも使用できます。また、この質問を必須にするかどうかも設定できます。